JR／新幹線

日本的鐵路系統之正確性與安全性之評價非常高。
日本最具代表之鐵路公司JR擁有網羅全國之鐵路網，其細密與高度管理之系統非常出名。以其快速與舒適而世界聞名之超高速鐵路「新幹線」不僅吸引日本人，也吸引全世界。每隔15分鐘就有班車連結東京與日本各大城市。可在車內推車的車上販賣購買飲料或便當，可以享受舒適的旅遊。
JR的票價依距離、車種、座位而有所差別。Green車廂（頭等車廂）與寢台車廂等需要額外再加費用。
近距離之車票可在各車站之自動售票機購買，但是遠距離之車票需要在主要車站之「綠色窗口」購買。
東京、大阪等大城市裡，已有網路般的JR路線連結城區部與礁外之外，還有環狀的鐵路以非常短的間隔從早到晚運行。配合地下鐵，移動方便又快速。