JR／新干线

日本铁路系统的准确性与安全性评价非常高。
日本具有代表性的铁路公司JR拥有连接全国的铁路网，是一个精密而且高度管理化的系统。以快速与舒适闻名世界的超高速铁路“新干线”不仅迷住日本人，也迷住全世界的人们。大约每隔15分钟就有一趟列车开出将东京与日本各大城市连接起来。在列车内的售货推车上可以买到饮料和盒饭，享受舒适的旅行。
JR的票价因距离、车种、座位而有所差别。软席(Green)车厢（头等车厢）与卧铺车厢等需要额外再加费用。
近距离车票可在各车站的自动售票机购买，长途车票需要在主要车站的“绿色售票窗口”购买。
在东京、大阪等大城市里，JR铁路线像网一样四通八达，将郊外与市中心连接起来。此外还有环状线铁路以很短的间隔时间从一大早到深夜在运行着，与地铁一起利用非常方便。